Os **arranjos CIS** e **TRANS** referem-se à forma como os alelos de genes ligados estão organizados em cromossomos homólogos. Esses termos são utilizados para descrever a **posição relativa dos alelos** quando dois ou mais genes estão ligados (localizados no mesmo cromossomo) e ajudam a entender como esses alelos são herdados.

### Arranjo CIS (ou acoplamento)
- No **arranjo CIS**, ambos os **alelos dominantes** (ou alelos selvagens) de dois genes ligados estão no **mesmo cromossomo**. Os **alelos recessivos** desses genes estão localizados no **outro cromossomo homólogo**.
  
  - Exemplo: Imagine dois genes ligados, A e B, onde "A" e "B" são os alelos dominantes, e "a" e "b" são os alelos recessivos. No arranjo **CIS**, o cromossomo terá os alelos "AB" juntos em um cromossomo e "ab" juntos no cromossomo homólogo.
    - **Cromossomo 1**: AB
    - **Cromossomo 2**: ab

  Nesse caso, há uma tendência de que os alelos dominantes (A e B) sejam herdados juntos, assim como os alelos recessivos (a e b).

### Arranjo TRANS (ou repulsão)
- No **arranjo TRANS**, os **alelos dominantes e recessivos** de dois genes ligados estão em **cromossomos diferentes**. Ou seja, um cromossomo homólogo carrega um **alelo dominante de um gene** e um **alelo recessivo de outro gene**, enquanto o outro cromossomo homólogo carrega os alelos opostos.
  
  - Exemplo: Para os mesmos genes A e B, no arranjo **TRANS**, os alelos dominantes e recessivos estão em cromossomos diferentes.
    - **Cromossomo 1**: Ab
    - **Cromossomo 2**: aB

  Nesse arranjo, a tendência é que os alelos "A" e "b" sejam herdados juntos, assim como "a" e "B".

### Efeito sobre a recombinação

A diferença entre os arranjos CIS e TRANS tem impacto na frequência de **recombinação genética**. No arranjo **CIS**, o "crossing-over" durante a meiose pode separar os alelos dominantes, formando gametas recombinantes com novas combinações como "Ab" ou "aB". No arranjo **TRANS**, a recombinação pode gerar gametas como "AB" e "ab".

### Exemplo prático
Imagine dois genes ligados que controlam características como cor de flores e forma das sementes em uma planta. No arranjo **CIS**, se uma planta for heterozigota, ela pode ter a cor e forma dominante juntas em um cromossomo (ex. flores vermelhas e sementes redondas), enquanto os recessivos (ex. flores brancas e sementes rugosas) estão no outro. No arranjo **TRANS**, as características dominantes e recessivas estariam misturadas em cromossomos diferentes, como flores vermelhas com sementes rugosas e flores brancas com sementes redondas.

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